中科院新疆自然博物馆是目前新疆生态学、地理学、生物学最具规模、内容最丰富的自然科学博物馆。

博物馆共两层，展厅面积2600㎡。分为独特气候、巍峨山地、潋滟水系、浩瀚荒漠、绿色生命等十个主题展示部分，共计350余块版面。

现馆藏展示标本最早可追溯到1958年中科院新疆综考队动植物标本，

种类包括植物、动物（含哺乳、爬行、两栖、鸟类、昆虫等）、微生物、土壤、矿产等各类标本3500余号，在新疆名列前茅。